Будущее неизвестно всем нам, это может быть обычная жизнь, как сегодня, или что-то совершенно другое. В будущем аниме почти все жители Земли были уничтожены инопланетным вторжением. Немногие выжившие были отправлены в приюты, где их жизнь контролировалась правительством. Цель создания убежищ - стереть у выживших воспоминания о вторжении, чтобы они не испытывали боли того времени. Сюжет аниме рассказывает о трех подростках, живущих в одном из таких убежищ.
Их выбирают для управления роботами, которые связаны с ними необычным образом. Задача инженеров - сделать так, чтобы эти машины могли объединяться с другими машинами и создавать нечто под названием «мусаси», сделанное из особого материала под названием «мегатрон». Каждая машина столкнется с огромными трудностями и непредвиденными угрозами.