Спустя десятилетие после событий «Лирической волшебницы Нанохи: как» главные герои вместе со своими товарищами стали официальными членами Бюро пространства и времени. Линди приняла веру, чтобы стать свободным агентом в космическом флоте, а Наноха получила звание капитана и боевого инструктора в военно-воздушных силах. Хаяте получил повышение до подполковника в наземных войсках и работал в отделе управления, невольно оказавшись втянутым в политику между мид-тильдой, главной планетой их вселенной. К сожалению, мир не может длиться вечно, и пророчество предсказало, что их собственная вселенная, а также параллельные, вскоре окажутся под угрозой. Чтобы защитить свой мир от такой опасности, эти герои должны работать вместе с Субару, Тианой, Эрио и Каро.