Во втором сезоне аниме Койоми продолжает свою экспедицию, встречая необычных монстров по имени Мононоке. Каждая часть посвящена отдельному повествованию и существу, с которым он сталкивается. Используя свои знания и опыт, он пытается решать проблемы и спасать людей от угрозы, исходящей от этих существ. Более того, в этом сезоне укрепляются связи между Арараги Койоми, его двоюродным братом Канбару Сурукавой и Синобу Ошино — девушкой-вампиром. История также раскрывает больше подробностей о характере Канбару, а также других персонажей, включая Хитаги Сендзюгахару, Сурукаву, Содзи Оиси и т. д., раскрывая их природу и мотивы. Одной из главных тем, исследуемых в этом сериале, является время и память: Койоми пытается осмыслить свои отношения с окружающими, а также более ранние эпизоды, чтобы лучше понять себя, свое место в жизни и участие в борьбе с Мононоке.