Томино Ёсиюки, автор «Мобильного воина», предлагает совершенно новую историю, которая отходит от привычных стандартов, установленных предыдущими выпусками гандама. Действие аниме происходит в далеком будущем, в нем представлены новые технологии, способные изменять человеческое тело на генетическом уровне. Это позволяет совершенствовать человеческое тело, давая людям совершенно новые возможности. Первые эксперименты были проведены на детях, после чего они показали удивительные результаты: они стали намного сильнее, умнее и быстрее. Люди стремятся дистанцироваться от тех, кто превосходит их или даже не похож на них внешне, потому что люди живут в «стае», и тех, кто выделяется из нее, презирают. Страх перед новыми модифицированными людьми привел к войне между «естественными» людьми, обладающими силами от природы, и «модифицированными» людьми. В разгар очередной битвы под перекрестный огонь случайно попадает ребенок по имени Кира Ямато. Увидев ужасы войны, он решает защищать своих друзей с помощью боевых доспехов марки «гандам». Вся эта война бессмысленна, так как страх «естественных» породил ее, а «измененные» борются за то, чтобы просто выжить и прекратить эту нелепую войну.