Некоторые люди в этом мире обладают способностью изменять материю с помощью алхимии - превращать ее в нечто совершенно иное. Однако за эту способность приходится платить. Основной закон алхимии гласит, что нельзя создать что-то, не пожертвовав чем-то равноценным. Единственный способ обойти этот закон - использовать философский камень, который может создать все, что угодно, не требуя жертвы. Однако метод создания камня был давно утерян.
История рассказывает о путешествии Эдварда и Альфонса Элриков, двух братьев, которые пытаются найти философский камень, чтобы вернуть то, что они потеряли много лет назад. По пути они испытывают сильные страдания, поскольку им постоянно напоминают о той боли, которую они испытали в детстве, когда пытались вернуть к жизни свою мать. В конце концов, они добиваются успеха в своих поисках и обретают душевное равновесие.